In einer Stuttgarter Villa gab es seit dem Ende des Zweiten Weltkrieges eine von dem anthroposophischen Arzt Dr. Walter Bopp gegründete internistische Klinik mit 40 Betten. Ein Ärztekreis, der sich um diese Klinik gebildet hatte, beabsichtigte schon einige Zeit, in Stuttgart eine größere anthroposophisch orientierte Klinik mit zusätzlichen Fachabteilungen zu bauen. Hermann und Dr. Ernst Mahle, die Eigentümer der Mahle-Firmen und beide Anthroposophen, hatten ebenfalls lange schon die Idee für eine größere anthroposophische Klinik in Stuttgart. Durch die Verbindung mit dem Ärztekreis konnten im Jahre 1964 der gemeinnützige Verein Filderklinik e. V. sowie die Mahle-Stiftung GmbH gegründet werden.
Da sich der Plan, die Klinik in Stuttgart-Heumaden zu bauen, nicht verwirklichen ließ, wurde auf Drängen von Dr. Ernst Mahle 1970 ein anderer Standort gesucht. Der damalige Bürgermeister von Bonlanden, Friedhardt Pascher, strebte seinerseits nach einer Klinik in seinem Ort. Dank seiner Unterstützung und der von Bürgermeister Illig von Plattenhardt sowie der erheblichen finanziellen Förderung durch die Mahle-Stiftung konnte 1972 mit dem Bau der Filderklinik begonnen und diese an Michaeli 1975 eingeweiht werden. Um diese Zeit wurden Bonlanden und Plattenhardt mit drei umliegenden Gemeinden zu Filderstadt zusammengefasst.
Vor Eröffnung der Klinik wurde 1974 der Filderklinik Förderverein e. V. als gemeinnütziger Verein gegründet. Dieser mietete das Gebäude und die Einrichtung vom Verein Filderklinik e. V. und übernahm den Betrieb der Klinik. Der Verein Filderklinik e. V. fördert seitdem zusammen mit der Filderklinik eine Reihe medizinischer Forschungsprojekte.
1982 wurde die Freie Krankenpflegeschule an der Filderklinik, finanziert aus einem Ausbildungsplatzförderprogramm des Bundes und der Mahle-Stiftung, eröffnet. 1987 nahm das anthroposophische Ärzteseminar (heute Eugen-Kolisko-Akademie), begründet durch Dr. med. Thomas McKeen, seine Tätigkeit in den Räumen der Krankenpflegeschule auf.
Die Filderklinik entwickelte sich rasch zu einem wichtigen Faktor in der regionalen Gesundheitsversorgung. Im besonderen die Geburtshilfe war bald so geschätzt, dass die Abteilung aus allen Nähten platzte. So konnte 1995 mit Unterstützung des Landes Baden-Württemberg und der Mahle-Stiftung ein Erweiterungsbau eröffnet werden. Neue Operationsräume, eine modernst ausgestattete interdisziplinäre Intensivstation, eine Kinderklinik mit Frühgeborenen-Intensivstation und nicht zuletzt ein großzügig ausgestatteter Entbindungsbereich wurden in Betrieb genommen. Jetzt bot sich auch die Möglichkeit, den Altbau zu renovieren.
Im Jahr 2007 wurde die neue Eingangshalle eröffnet. Grund für diese neuerliche Baumaßnahme waren die beengten Verhältnisse der Ambulanz. Über 33.000 Patientinnen und Patienten passieren jährlich diesen Bereich, der damit das Bild der Filderklinik für sehr viele Menschen prägt. Eingangshalle, Zentrale Aufnahme, Notaufnahme, die Cafeteria und nicht zuletzt die Notfallpraxis Filder haben jetzt ein großzügiges, modernes sowie besucherfreundliches Ambiente erhalten.
2014 wurde die Psychosomatische Klinik saniert und erweitert, dadurch konnten schließlich auch dem Zentrum für Integrative Onkologie optimale Räumlichkeiten zur Verfügung gestellt werden.
Im Jahr 2016 wurde die Psychosomatik um eine Tagesklinik erweitert und im Frühjahr 2021 wurde unser Erweiterungsbau der Neonatologie und unsere beiden neuen Kreißsäle in Betrieb genommen.
Die Geschichte der Filderklinik ist eingebunden in die kultur- und gesundheitspolitischen Entwicklungen Deutschlands. Um den damit verbundenen Anforderungen noch besser gerecht werden zu können, wechselte die Filderklinik 2003 die Rechtsform vom gemeinnützigen Verein in eine gemeinnützige GmbH.
